Aslında hangi dezenfektanın kullanılacağından ziyade etkinliğin arttırılması daha önemli bir konudur dolayısıyla dezenfektan kullanımlarında yıkama suyunun temiz tutulması ve belli sıklıklarla değiştirilmesi önemlidir çünkü bu dezenfektanlar kirli sularda sudaki diğer organik bileşikleride bağlar, etkinlikleri azalır ve özellikle klor insan sağlıı için zararlı bileşikler oluşturabilir.
Hidrojen peroksit suda çabuk indirgenir ve kalıntı miktarı azalır ama etkisi ve etkinlik süresi kısadır. Klor geleneksel olarak kullanılan bir dezenfektan olduğu için, temini kolay olduğu için, konsantrasyonu kolay ölçülebildiği için, düşük konsantrasyonlarda (50-200 ppm) mikroorganizmalara etkili olduğu için, hızlı bir ölüm sağladığı ve ekonomik olduğu için daha fazla tercih edilmektedir.
Klorun etkisi suyun pH' sı ve sıcaklığına göre değişmektedir. Klor kullanımı için optimum pH 6.0-7.5, sıcaklık ise 15-20 C' dir.
Sonuç hidrojen peroksitin klora alternatif olması için çok kati ve bariz deliller yoktur. Amaç az kalıntı ve organik bileşik oluşturacak şekilde düşük bir klor konsantrasyonu kullanıması olmalıdır. Buda ancak yukarıda bahsettiğimiz optimum şartların sağlanması ile olur.
